Η απώτερη ιστορία της Μονής αρχίζει τον 11ο αιώνα με Καθολικό αφιερωμένο στο όνομα της Κυρίας Θεοτόκου.
Η ετυμολογία της λέξης δημιούργησε πολλές υποθέσεις, επειδή σε πρώιμα έγγραφα η ονομασία της Μονής παραδίδεται ως Στραυονικήτα, ονομασία που τη χρησιμοποιεί μόνιμα ένας από τους ηγουμένους της Μονής: «Νικηφόρος μοναχός ο του Στραβονικήτα». Όμως ο επόμενος ηγούμενος μετά τον Νικηφόρο επανορθώνει τη γραφή: «Σάββας μοναχός του Σταυρονικήτα».
Ώστε η γραφή Στραβονικήτα θα πρέπει να θεωρείται ως μια γραφική ιδιοτυπία του Νικηφόρου. Η πιο πιθανή εξήγηση της ονομασίας οφείλεται μάλλον σ” ένα σταυρό που έστησε εκεί κάποιος μοναχός Νικήτας ή Ανίκητος. Υπάρχουν στο Όρος τέτοιες τοποθεσίες που πήραν την ονομασία τους από κάποιο σταυρό (π.χ. σταυρός του Μακρυγένους).