Μετά το 1993 μ.Χ. παρουσίαζε αιμορραγίες για τις οποίες αρνούνταν να νοσηλευτεί λέγοντας ότι «όλα θα βολευτούν με το χώμα». Το Νοέμβριο του ίδιου έτους βγήκε για τελευταία φορά από το Άγιον Όρος και πήγε στη Σουρωτή, στο Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου για τη γιορτή του Αγίου Αρσενίου (10 Νοεμβρίου). Εκεί έμεινε για λίγες μέρες και ενώ ετοιμαζόταν να φύγει ασθένησε και μεταφέρθηκε στο Θεαγένειο, όπου έγινε διάγνωση για όγκο στο παχύ έντερο. Θεώρησε τον καρκίνο εκπλήρωση αιτήματός του προς το Θεό και ωφέλιμο για την πνευματική του υγεία. Στις 4 Φεβρουαρίου του 1994 μ.Χ. χειρουργήθηκε. Παρότι η ασθένεια δεν έπαυσε, αλλά παρουσίασε μεταστάσεις στους πνεύμονες και στο ήπαρ, ο γέροντας ανακοίνωσε την επιθυμία του να επιστρέψει στο Άγιο Όρος στις 13 Ιουνίου. Ο υψηλός πυρετός όμως και η δύσπνοια τον ανάγκασαν να παραμείνει.
Στο τέλος του Ιουνίου οι γιατροί του ανακοίνωσαν ότι τα περιθώρια ζωής του ήταν δύο με τρεις εβδομάδες το πολύ. Τη Δευτέρα 11 Ιουλίου (γιορτή της Αγίας Ευφημίας) κοινώνησε για τελευταία φορά γονατιστός μπροστά στο κρεβάτι του. φάρμακα Τις τελευταίες μέρες της ζωής του αποφάσισε να μην παίρνει και ή παυσίπονα, παρά τους φρικτούς πόνους της ασθένειάς του. Κοιμήθηκε την Τρίτη 12 Ιουλίου 1994 μ.Χ. και ώρα 11:00 και ενταφιάστηκε στο Ιερό Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Σουρωτή Θεσσαλονίκης.Αγίου Παΐσιου Αγιορείτου.,